Les complications sont peu fréquentes (environ 3%) mais peuvent parfois survenir. Elles consistent en une infection, un saignement ou des douleurs au niveau du scrotum durant les jours ou semaines qui suivent la vasectomie. Ces complications sont seulement locales et n'affectent aucunement l'organisme en entier.
En effet, à la lumière des études actuellement disponibles réalisées sur plusieurs milliers d'hommes, la vasectomie s'est avérée être une méthode de stérilisation efficace, très bien tolérée et sécuritaire à long terme. Finalement, il est important de mentionner que la vasectomie ne confère aucune protection contre les maladies transmises sexuellement et l’utilisation du condom s’impose comme à l’habitude lors de relations à risques d’infections transmisses sexuellement.